钙镁磷肥在酸性和中性土壤中施用，增产效果和过磷酸钙相似；在石灰性土壤中施用，当季的增产效果相当于过磷酸钙的85％左右，但后效比过磷酸钙更持久。给水稻田施用钙镁磷肥，有以下几种方法：
育壮秧在整秧田时，把钙镁磷肥作面肥施入秧田，亩施30公斤～35公斤，能促进秧苗根系发育，早生分蘖，能培育出壮秧。
沾秧根在水稻插秧时，把钙镁磷肥放在盆里，掺些黄泥拌成糊状，将成捆的秧苗根沾匀肥料，然后插秧。钙镁磷肥沾秧根比较安全，不会烧苗，每亩用量7.5公斤左右，用肥少，收效大。
作面肥在插秧前最后一次耙田以前，亩撒施钙镁磷肥25公斤，经过耙田，使肥料和表层土壤均匀混合，然后插秧。耙面肥相当于基肥的作用，用肥量较多，但较省工，且后效较长，到第三、四茬仍有增产作用。