适时灌溉，清除杂草，消灭越冬、越夏虫源，降低虫口基数，还可以使用黄板诱杀，灯光诱杀，纱网防虫等物理方法，或者利用天敌如寄生蜂来防治。掌握成虫盛发期，及时喷药防治成虫，防止成虫产卵。成虫主要在叶背面产卵，应喷药于叶背面。或在刚出现危害时喷药防治幼虫，防治幼虫要连续喷2~3次，农药可用40%乐果乳油1000倍液，40%氧化乐果乳油1000～2000倍液，50%敌敌畏乳油800倍液，50%二溴磷乳油1500倍液，40%二嗪农乳油1000～1500倍液。
掌握成虫盛发期，及时喷药防治成虫，防止成虫产卵。成虫主要在叶背面产卵，应喷药于叶背面。
潜叶蝇属于刺吸式口器，可用吡虫啉（啶虫脒）+阿维菌素防治。