各种新鲜家畜粪尿和垫圈材料混合形成的肥料，需要在堆积过程中通过微生物的作用，腐熟分解成为作物可利用状态的养分和腐殖物质。这样的有机肥才适合施用，堆腐关键是要及时，常用堆腐有机肥的方法有三种。
1、疏松堆积法
将起圈的新鲜牲畜粪尿疏松堆积于积肥场地，堆积过程中保持通气良好。在高温条件下，牲畜粪尿腐熟分解快，在短时期内，可以制出腐熟的有机肥。
2、紧密堆积法
从圈内起出的牲畜粪尿，在积肥场地一层层地堆积起来，边堆积边压紧。如果太干，可加适量水以保持湿润，肥堆的高度以1.5米至2米为宜，待堆积完毕，用泥土把肥堆封好，温度一般保持在15℃至35℃。
采用这种方法腐殖质积累较多，氮素损失较少，大约经过3个至4个月后，有机肥可达半腐熟状态，6个月以上才能完全腐熟。
3、疏松紧密交叉堆积法
采用疏松紧密交替堆积，既可缩短有机肥的腐熟时间，又可减少氮素损失。
把新鲜有机肥在圈外疏松堆积约一米高，不压紧，以便发酵。一般在2天至3天后肥堆内温度可达60℃至70℃，以后还可继续堆积新鲜有机肥，这样一层层地堆积，直到高度2米至2.5米为止。用泥土把肥堆封好，保持温度，阻碍空气进入，防止肥分损失和水分大量蒸发。一般1个半月至2个月就可达到半腐熟状态，经过4个月后就可完全腐熟。
此外，为了提高有机肥肥效，减少氮素损失，可加入4%的过磷酸钙和有机肥混合堆积。