棉花的各部位的组织都可能受到细菌的感染，叶片是棉花黄萎病传播的重要途径。棉籽的细菌率很低，但也是一种重要的传播途径，而且可远距离传输。细菌直接浸没在土壤中，细菌通过棉花皮层细胞进入导管，然后繁殖。此外，水和农业工作也会导致疾病的传播。6月，当棉花幼苗长出4-5片真叶时，就会开始发病，长出零星的病株。花芽期进入适宜阶段，病害迅速发展，高峰在7月和8月。在适当的温度范围内，湿度、降雨天数和降雨是决定该病减少和发生的重要因素。地表温度高，日照时数高，雨量少，发病率低，反之亦然。
地温高、日照时数多、雨日天数少发病轻，反之则发病重。在田间温度适宜，雨水多且均匀，月降雨量大于100mm，雨日12天左右，相对湿度80%以上发病重。一般蕾期零星发生，花期进入发病高峰期。连作棉田、施用未腐熟的带菌有机肥及缺少磷、钾肥的棉田易发病，大水漫灌常造成病区扩大。