水稻二化螟在水稻不同的生育时期对于水稻的危害症状也是不同的。水稻分蘖期被危害症状：出现枯心苗和枯鞘。水稻孕穗期至抽穗期被危害症状：出现枯孕穗和白穗。水稻灌浆期至乳熟期被危害症状：出现半枯穗和虫伤株，秕粒增多，遇到大风天气时易倒折。
二化螟又叫钻心虫。以幼虫为害水稻,主要蛀食水稻的叶鞘和茎秆，造成枯鞘、枯心、白穗和死孕穗等症状。剥开二化螟为害的稻株,可以看到有二化螟幼虫和虫粪、虫孔及蛀屑。
以幼虫为害水稻，初孵幼虫群集叶鞘内为害，造成枯鞘，3龄以后幼虫蛀入稻株内为害，水稻分蘖期造成枯心苗，孕穗期造成枯孕穗，抽穗期造成白穗，成熟期造成虫伤株。
水稻分蘖期受害出现枯心苗和枯鞘；孕穗期、抽穗期受害，出现枯孕穗和白穗；灌浆期、乳熟期受害，出现半枯穗和虫伤株，秕粒增多，遇刮大风易倒折。二化螟为害造成的枯心苗，幼虫先群集在叶鞘内侧蛀食为害，叶鞘外面出现水渍状黄斑，后叶鞘枯黄，叶片也渐死，称为枯梢期。幼虫蛀入稻茎后剑叶尖端变黄，严重的心叶枯黄而死，受害茎上有蛀孔，孔外虫粪很少，茎内虫粪多，黄色，稻秆易折断。别于大螟和三化螟为害造成的枯心苗。
初孵幼虫先侵入叶鞘集中为害，造成枯鞘，到2～3龄后蛀入茎秆，造成枯心、白穗和虫伤株。初孵幼虫，在苗期水稻上一般分散或几条幼虫集中为害；在大的稻株上，一般先集中为害，至3龄幼虫后才转株为害。