保护剂着重于保护，因此要注意以下各点。
首先，要了解需防止的是病菌侵害作物的哪个部位、初侵染的时期及其为害的主要阶段等，才能有的放矢地施药。例如，小麦条锈病主要为害小麦的叶片、叶鞘和穗部，且大多在小麦拔节期至孕穗期之间侵染，因此要保护抽穗至灌浆这一时期不发病。若喷施保护剂，应在拔节后期至抽穗扬花之间进行。
其次，要保持能持续保护。保护剂的持效期一般为5～7天，因此要在病害侵染期间每隔5～7天喷药1次，才能收效显著，这点在对某些果树病害喷药防治时尤为重要。以往常有喷施保护剂防效不佳的现象，这其中有许多是施药技术问题，第一次施药晚了，病已侵入；两次喷药间隔时间长了，两次的保护时间未连接上，等等。
另外，保护剂施用后，并不能马上看到药效，需经过一定时期后，与同一块田不施药地段相比较，才能看出其效果。