主要侵染根部，致主根根尖变褐软腐，根瘤墨绿色。病菌从根部维管束向上扩展至植株顶端。纵切根茎部，初期导管变浅褐色，后期变黑褐色。横切病部，呈环状排列的维管束变成深褐色，在湿润条件下或用手捏压时溢出浑浊的白色细菌脓液。病株上的果柄、荚果呈黑褐色湿腐状。病株最初表现萎蔫，早上延迟开叶，午后提前合叶。通常是主茎顶梢第一、二片叶首先表现症状，1~2天后，全株叶片从，上至下急剧凋萎，叶色暗淡，呈绿色，故称“青枯”。
病菌有致病型和非致病型两类。在TTC培养基上，致病型菌落较大，圆形或不整形，中心粉红色，边缘乳白色，无致病型菌落较小，圆形，深红色。致病型青枯菌无鞭毛，菌体有明显的粘质层；非致病型的菌体有1-4根极生鞭毛，菌体无明显的粘质层。