包衣和拌种：用种子量0.2%的20%粉锈宁（三唑酮）拌种，或用种子量0.15%的2%立克秀（戊唑醇）对种子进行包衣，或用种子量0.2%的3%苯醚甲环唑悬浮种衣剂进行包衣。
农药喷洒：可选用丙环唑乳油、烯唑醇、粉锈宁以及氟环唑、戊唑醇、己唑醇、三唑醇等三唑类杀菌剂喷施，或者选用嘧菌酯、吡唑醚菌酯、醚菌酯、啶氧菌酯、肟菌酯等甲氧基丙烯酸酯类杀菌剂喷施。
一、包衣和拌种
1、以种子的0.2%为使用量，浓度为20%的粉锈宁（三唑酮）拌种；或用种子量的0.15%为使用量，浓度为2%的立克秀（戊唑醇）对种子进行包衣；或用种子量0.2%的3%苯醚甲环唑悬浮种衣剂进行包衣。
2、如果使用粉锈宁要在拌种结束后的6-8小时开始播种，这样可有效预防小麦锈病。拌种时注意用药量不要过大，以免造成药害，降低出苗率。
二、农药喷洒
1、防治小麦锈病，可用500ml左右25%丙环唑乳油兑750kg水喷洒，或12.5%烯唑醇可湿性粉剂2000倍液，也可使用600g浓度为25%的粉锈宁可湿性粉剂和一定量水混合进行喷洒，每10-20天喷1次。如果病害严重的话，可在第一次喷洒后的13天左右进行第二次喷洒。
2、防治小麦锈病，还可用氟环唑、戊唑醇、己唑醇、三唑醇等三唑类杀菌剂于花前喷施，或者用嘧菌酯、吡唑醚菌酯、醚菌酯、啶氧菌酯、肟菌酯等甲氧基丙烯酸酯类杀菌剂喷施。农药需要交替使用，以免小麦产生抗药性。
3、小麦锈病主要有秆锈病、叶锈病和条锈病三种，秆锈病的感染率在1-5%、叶锈病的感染率在5-10%、条锈病的感染率在1-2%，这三个阶段采用农药喷洒对小麦锈病有很好的抑制作用。