将生长健壮、无病虫害的单株作为采种对象，8月底种子变为黑褐色时，将它连带着茎叶一起割下，然后晒干脱粒，剔除杂质。
种子可随采随播，或者用布袋装起来挂在阴凉、通风的地方保存，翌年再播种。
一、瞿麦种子怎么选种
1、采种宜选生长健壮、无病虫害的单株，在8月底种子呈黑褐色时连同茎叶割下，晒干脱出种子，除净杂质。
2、可随采随播，也可将种子装入布袋，悬挂于阴凉通风储藏，第二年再播种。
二、瞿麦种子的育苗方式
1、选地整地
（1）瞿麦对土壤要求不严，通常土地都可栽种，但以排水良好、肥沃的砂壤土为好。
（2）一般每亩施圈肥1500-2000千克、过磷酸钙15-20千克、草木灰50千克，深耕细耙后整平做畦，畦宽1-1.3米。
2、播种育苗
（1）播种前用新高脂膜拌种（可与种衣剂混用），驱避地下病虫，隔离病毒感染，加强呼吸强度，提高种子发芽率。
（2）播种可分为春播和秋播，春播通常在每年3到4月份清明节的前后来进行种植的，而秋季播种则是在每年的7月份，方式可以采用条播或者穴播。
3、间苗定苗
在幼苗生长到五厘米的时候一定要进行间苗，并且定苗之后及时的进行中耕除草，保证田间没有杂草，促进它根部的吸收，如果碰见杂草，一定要做到见草就拔。
4、水肥管理
（1）播种后要经常灌水保持畦面湿润，确保出苗。出苗后遇干旱则应及时灌水，雨季应及时排除积水，以防烂根。
（2）苗高3-4寸时，施尿素30-50斤，在花开前适当增加浇水次数，可追施一些硫酸铵或尿素。
（3）在第1次割苗后、二茬苗萌发前，每亩追施人粪尿1000千克或碳铵15-20千克，促使新苗生长发育。