物理消毒、化学消毒、机械消毒等为蜜蜂养殖场消毒方法。其中化学消毒是目前蜂场上应用最广泛的一种消毒方法，利用各种化学药剂来杀灭病原微生物。使用物理方法进行消毒时，注意不同材质的物品要选择不同的物理消毒方法，否则有些物品在消毒处理过程中容易被损坏。
一、机械消毒
用清扫、清理、铲刮、洗涤等方法清理场地上及蜂场周围的杂草、填平污水坑、及时清扫场地上的死蜂与污物并集中深埋或焚烧、铲刮蜂箱等。清除污物、杂物的同时也清除掉了大量的病原微生物。这种方法的缺点为不能够达到彻底消灭病原微生物的目的，进一步必须配合使用其他消毒方法，如用化学消毒药剂喷洒清扫后的场地、房屋设施、机具等，才能彻底消灭残留的病原微生物。
二、物理消毒
采用日晒、烘烤、灼烧、煮沸、蒸汽以及紫外线照射等方法杀灭病原微生物。这种方法的优点为简单、经济、实用、有效，对病原微生物能够有很好的杀灭效果。但是存在有些物品在消毒处理过程中容易被损坏的缺点，注意不同材质的物品要选择不同的物理消毒方法。
三、化学消毒
利用各种化学药剂来杀灭病原微生物，这种方法是目前蜂场上应用最广泛的一种消毒方法。但是化学消毒的效果决定于很多因素，如病原微生物抵抗力的特点、所处环境的情况、消毒时的温度、药剂的浓度、消毒时间长短等。在选择化学消毒剂的时候，应该考虑该药剂是否对病原微生物的消毒作用力强、对人和蜜蜂毒性小、不损害被消毒的物体、易溶于水、使用方便、性能稳定、价格等问题。