在选苗时应仔细检查根部是否有根结线虫，做好前期的预防工作，对发生根结线虫的地块，重施腐熟的有机肥，提高植株抗病力。
根结线虫主要应做好前期预防工作，初期种植可在垄中间种植大葱、大蒜等作物，能很好地预防根结线虫。
休耕期可多次种植生长期短的蔬菜进行防治，等蔬菜根部出现大量根瘤时拔出，对根部进行爆晒后用火销毁。
一、如何防治根结线虫
1、在购买番茄、黄瓜、等瓜果蔬菜小苗时，或者自己育苗时，种植户要选择基质育苗，仔细检查根部是否有根结线虫的危害。
2、根结线虫主要在前期的预防，不要等到出现线虫病害后才考虑防治。
3、当大棚建设好以后初期种植时，在番茄、黄瓜等瓜果蔬菜作物的垄中间种植大葱、大蒜等作物，会对根结线虫有非常好的预防成效。种植大葱、大蒜不要一年种植一季，是常年种植，并且通过种植大葱、大蒜还能对其它土传病害有很好的预防成效。
4、在发生根结线虫的地块，在休耕期，通过多次种植生菜，小白菜、菠菜等生长期短的蔬菜进行防治，等这些蔬菜根部出现大量的根瘤时拔出，清理出田块，对根部进行爆晒后用火销毁。
5、重施腐熟的有机肥，提高植株抗病力，基肥中增施石灰，叶面追施过磷酸钙浸出液，也可显著控制和减轻病害，应用有机生态型无土栽培技术也可以从根本上杜绝根结线虫的发生。
二、根结线虫的危害
1、虫体微小，隐蔽性强
线虫是一种土传虫害，个体微小、侵害能力强、寄生于多种作物、杂草等；繁殖速度快，虫口基数易大量积累。
2、侵害根部，难以发现
植株表现出症状时，根部已被线虫侵害，已经造成植株损害，植株表现同青枯病等土传病害类似，容易被表观性状误导。
3、环境适应性强
其在土壤中一般活跃在15~30cm左右的土层，深可达1.5米，其在可侵染多种寄主，即使在无寄主条件下仍然可存活3年。
4、预防较难，不易
根结线虫传播途径较多，受污染的农具、带虫的种苗、作业过程中随鞋携带的土壤等都成为了根结线虫传播的介体。